Les Mega-Evolutions sont des évolutions plus puissantes que la normale mais qui ne durent qu’un combat. Il vous faut posséder la Méga-Gemme correspondante pour qu’un Pokémon puisse "Méga-Évoluer".
Vous obtiendrez les mega-gemmes dans trois lieux différents :
Bourg-Palette
Une fois l’Arène de Cramois’Île terminée, Blue vous attendra à Bourg Palette pour vous remettre la Gemme Sésame, permettant d’activer les mega-evolutions en combat :
| 003 | 
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Méga-Florizarre |
| 006 | 
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Méga-Dracaufeu X |
| 006 | 
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Méga-Dracaufeu Y |
| 009 | 
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Méga-Tortank |
Plateau Indigo
Une fois le conseil des 4 vaincu, vous pourrez acheter au plateau d’indigo les mega-gemmes pour les pokemon suivants :
| 015 | 
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Méga-DarDargnan | 30 000 pokédollard |
| 018 | 
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Méga-Roucarnage | 30 000 pokédollard |
| 065 | 
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Méga-Alakazam | 30 000 pokédollard |
| 080 | 
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Méga-Flagadoss | 30 000 pokédollard |
| 094 | 
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Méga-Ectoplasma | 30 000 pokédollard |
| 115 | 
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Méga-Kangourex | 30 000 pokédollard |
| 127 | 
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Méga-Scarabrute | 30 000 pokédollard |
| 130 | 
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Méga-Léviator | 30 000 pokédollard |
| 142 | 
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Méga-Ptéra | 30 000 pokédollard |
Caverne Azurée
Blue, toujours lui, vous donnera les mega-gemmes pour le terrible MewTwo :
| 150 | 
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Méga-Mewtwo X |
| 150 | 
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Méga-Mewtwo Y |
